지방산 메틸 에스터(Fatty acid methyl ester)는 지방이나 지방산과 메탄올 사이에 알칼리 촉매 반응으로 생성되는 물질이다. 바이오디젤의 가장 기본적인 분자 구조가 바로 지방산 에스터이다. 보통 에스터 교환에 의해 식물성 기름으로부터 얻어진다.